Analisis Keanekaragaman Genetika dan Diferensiasi Jati Jawa dan Madura Berdasarkan Marka Mikrosatelit Untuk Mendukung Fingerprinting Jati
(1) Jurusan Biologi, Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam, Universitas Negeri Semarang, Indonesia. FMIPA UNNES Gd D6 Lt 1 Jln. Raya Sekaran- Gunungpati- Semarang 50229 Telp./Fax. (024) 8508033
(2) Jurusan Biologi, Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam, Universitas Negeri Semarang, Indonesia. FMIPA UNNES Gd D6 Lt 1 Jln. Raya Sekaran- Gunungpati- Semarang 50229 Telp./Fax. (024) 8508033
(3) Jurusan Biologi, Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam, Universitas Negeri Semarang, Indonesia. FMIPA UNNES Gd D6 Lt 1 Jln. Raya Sekaran- Gunungpati- Semarang 50229 Telp./Fax. (024) 8508033
(4) Jurusan Biologi, Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam, Universitas Negeri Semarang, Indonesia. FMIPA UNNES Gd D6 Lt 1 Jln. Raya Sekaran- Gunungpati- Semarang 50229 Telp./Fax. (024) 8508033
Abstract
Fingerprinting jati diperlukan untuk melengkapi data base konservasi plasma nutfah jati. Penelitian ini bertujuan untuk mendapatkan informasi keanekaragaman genetika pohon jati berdasarkan marka mikrosatelit dan mengidentifikasi alel spesifik pada lokus tertentu yang dapat menjadi penciri khas jati populasi Jawa dan Madura. Pada penelitian ini dilakukan identifikasi karakteristik jati plus (fingerprinting) secara molekuler menggunakan penanda mikrosatelit. Sampel diambil dari koleksi jati plus di Kebun Benih Klonal (KBK) di Jawa dan dari lokal Areal Produksi Benih (APB) Madura. Sampel diisolasi menggunakan metode CTAB. Amplifikasi DNA menggunakan 3 primer mikrosatelit dan hasilnya divisualisasi pada gel poliakrilamid dengan pewarnaan silver. Hubungan kekerabatan dianalisis melalui program NTSYSpc (Numerical Taxonomy and Multivariate Analysis Sistem) versi 2.01. Hasil analisis menunjukkan tingkat keanekaragaman jati yang tinggi, didukung oleh nilai Observed Heterozigosity (Ho), Expected Heterozygosity (He), Polimorfism Information Content (PIC) dan koefisien diferensiasi genetika berturut-turut 0.5122; 0.6221; 0.5818; dan 0.0629. Hubungan kekerabatan melalui analisis dendogram menghasilkan koefisien kemiripan 0.3-1.00. Nilai keanekaragaman dalam populasi (HS), antar populasi (DST), dan nilai diferensiasi (G) berturut-turut adalah 0.5817, 0.0391, dan 0.0629. Dari hasil analisis disimpulkan bahwa tingkat keanekaragaman jati di Jawa dan Madura termasuk tinggi dan ada indikasi perbedaan genetika di dalam populasi lebih tinggi dibanding antar populasi.
Fingerprinting teak is required to complete the data base teak germplasm conservation. This research aimed to obtain information about the genetic diversity of teak based on microsatellite markers and identify specific allele at a particular locus can be distinctive identity identifier population of Java and Madura. In this research is to identify the characteristics of teak plus (fingerprinting) molecularly using microsatellite markers. Samples were taken from the collection of teak plus in Kebun Benih Klonal in Java and from Areal Produksi Benih Madura. Samples were isolated using the CTAB method. Amplification of DNA using microsatellite primer 3 and the results are visualized on a polyacrylamide gel by silver staining. Kinship analyzed through NTSYSpc program (Numerical Taxonomy and Multivariate Analysis System) version 2:01. The analysis showed a high level of diversity teak, supported by Heterozigosity Observed value (HO), Expected Heterozygosity (He), polymorphisms Information Content (PIC) and genetic differentiation coefficient 0.5122 respectively; 0.6221; 0.5818; and 0.0629. Kinship through analysis dendogram generate similarity coefficient 0.3-1.00. The value of diversity in the population (HS), between populations (DST), and the value of differentiation (G) respectively are 0.5817, 0.0391, and 0.0629. From the analysis concluded that the level of diversity of teak in Java and Madura are high, and there are indications of genetic differences in the population is higher than among the population.
Keywords
Full Text:
PDFReferences
Anderson, J. A., Churchill, G. A., Autrique, J. E., Tanksley, S. D., & Sorrels, M. E. (1993). Optimizing Parental Selection for Genetic Lingkage Maps. Genome, 36, 181-186
Badan Pusat Statistik [BPS] & Departemen Kehutanan [DepHut]. (2004). Potensi Hutan Rakyat Indonesia 2003. Jakarta: Pusat Inventarisasi dan Statistik Kehutanan kerjasama dengan Direktorat Statistik Pertanian
Bennet, P. (2000). Microsatellites. J. Clin. Phatol: Mol. Phatol, 53, 177-183
Boer, D. (2007). Keragaman dan Sturktur Genetik Populasi Jati Suawesi Tenggara Berdasarkan Marka Mikrosatelit. Disertasi. Bogor: IPB.
Cerenak, A., Jakse, J., Javornik, B. (2004). Identification and Differentiation of Hop Varieties Using Simple Sequence Repeat Markers. J Am Soc Brew Chem, 62(1), 1-7.
Chasani, A. R. (2007). Studi Keanekaragaman Genetika dan Hubungan Kekerabatan Provenan Jati (Tectona grandis linn.f.) Menggunakan Penanda DNA. Tesis. Yogyakarta: Program Studi Bioteknologi Universitas Gajah Mada
Doyle, J. J. & Doyle, J. L. (1987). A Rapid Isolation Procedure from Small Quantities of Fresh Leaf Tissue. Phytochemistry Bulletin, 19, 11-15
Febrianto, F., Syafii, W., & Barata, A. (2000). Keawetan Alami Kayu Jati (Tectona grandis Linn. F) pada Berbagai Kelas Umur. Jurnal Teknologi Hasil Hutan, 8(2), 25-33
Hartati, D., Anto, K., Taryono, Endang, S. & Widyatmoko, A. (2007). Pendugaan Keragaman Genetik di Dalam dan Antar Provenan Pulai (Alastonia Scholars (L.) R. Br.) Menggunakan Penanda RAPD. Jurnal Pemuliaan Tanaman Hutan, 1 (2), 1-8.
Jetse, J., Bandelj, D., & Javornik, B. (2002). Elavan New Microsatellites for hp (Humulus lupulus L.). Mol Ecol Notes, 2, 540-546.
Kantety, R. V., Zeng, X., Bennetzen, J. L. & Zehr, B. E. (1995). Assessment of Genetic Diversity In Dent and Popcorn Inbred Lines Using Intersimple Sequence Repeat Amplification. Mol.Breed I, 365-373.
Lai, Y., Deepali, S., Norman, A. & Fengzhu, S. (2003). The Mutation Process of Microsatellites during the Polimerase Chain Reaction. Journal of Computational Biology, 10(2), 143-155
Lowe, A., Haris, S. & Ashton, P. (2004). Ecological Genetics: Design, Analysis, and Application. Blacwell Publishing. United Kingdom
Maideliza, I. & Mansyurdin. (2007). Keragaman Alel Gadung Liar (Dioscorea bulbifera L) di Sumatra Barat. Makara Sains, 11(1), 23-27
Nei, M. (1987). Molecular Evolutionary Genetika. New York: Columbia University Press.
Nei, M. & Kumar, S. (2000). Molecular Evolution and Phylogenetics. Oxford University Press. Inc. New York.
Palupi, E. R. (2005). Genetika Biotic and Physiological Factor In Seed Production of Teak (Tectona grandis L.f): A Case Study In Clonal Seed or Chard In East Java. Disertasi. Bogor: Institut Pertanian Bogor.
Pandey, R. N., Adams, R. P. & Flournoy, L. E. (1996). Inhibition of Random Amplified Polymorphic DNAs (RAPDs) by Plant Polysaccharides. Plant Molec Biol reporter, 14, 15-22
Pane, I. (1986). Pemuliabiakan Ternak Sapi. Jakarta: Gramedia Pustaka Utama Porebski S, Bailey LG dan Baum BM. (1997. Modification of CTAB DNA Extraction Protocol for Plants Containing High Polysacharide and Polyphenol Components. Plant Molec Biol reporter, 15, 8-15
Prana, T. K. & Hartati, N. S. (2003). Identifikasi Sidik Jari DNA Talas (Colocasia esculenta L. Schott) Indonesia dengan Teknik RAPD: Skrining Primer dan Optimasi Kondisi PCR. Jurnal Natur Indonesia, 5(2), 107-112.
Prasetyono, Joko & Tasliah. (2008). Marka Mikrosatelit: Marka Molekuler yang Menjanjikan. Jurnal Tinjauan Ilmiah Riset Biologi dan Bioteknologi Pertanian, 6(2)
Qiagen. (2001). Hotstar Taq PCR Handbook. Germany: Qiagen.
Rao, N.K. (2004). Plant Genetic Resource: Advancing Conservation and Use Through Biotechnology. African Journal of Biotecnology, (2), 136-14
Retnoningsih, A. (2009). Molecular Basesd Classification and Phylogenetic Analysis of Indonesian Banana Cultivars. Disertasi. Bogor: Institut Pertanian Bogor
Santoso, T. J., Dwinita, W., Utami & Endang, M. S. (2006). Analisis Sidik Jari DNA Plasma Nutfah Kedelai Menggunakan Marka SSR. Jurnal Agrobiogen, 2(1), 1-7.
Siregar, S. (2005. Potensi Budidaya Jati. Sumatra Utara: Fakultas Pertanian Universitas Sumatra Utara.
Smagn, K., Bjornstad, A. & Ndjiondjop, M. N. (2006). An Overview of Molecular Marker Methods for Plants. African Journal of Biotechnology, 5, 2540-2568
Wilkins, T. A. & Smart, L. B. (1996). Isolation of RNA from Plant Tissue. Di dalam: Krieg PA (ed). A Laboratory Guide to RNA. Analysis and Synthesis. New York: Wiley Liss
Refbacks
- There are currently no refbacks.
This work is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 International License.